Eesti vaprate metsavendade vastasteks olid 1941.a. sõjasuvel peamiselt kommunistidest ja igasugu muust kuritegelikust elemendist moodustatud hävituspataljonid. Kuigi nende NKVD eriorganite peamiseks ülesandeks oli just rahvuslikult meelestatud metsavendade gruppide tegevuse paralüseerimine, andis hävituspataljonide asutamine veelgi enam tõuget metsavendade liikumisele, kes nüüd tundsid end otse kohustatud olevat kaitsma oma kodu röövijate, tapjate ja põletajate vastu.

Hävituspataljone Eestis hakati asutama kohe sõja puhkemise järel, kuna siinsed Nõuk.Liidu väeosad ei tundnud endid hoopis teisiti mõtleva ja tundva rahva hulgas kuigi kindlatena. Selles olukorras andis Tallinna garnisoni ülem, Nõukogude Baltimere sõjalaevastiku juhataja, viitseadmiral T r i b u t s 24.juunil 1941.a. välja järgmise käskkirja:

„Vastane kasutab väikeste langevarjurite salkade (3-10 inimest) taktilisi väljasaatmisi ülesandega pasralüseerida tagala tööd sidevahendite hävitamisega, kallaletungidega liiklusvahenditele, üksikuile sõjaväelastele ja komandöridele, kuni suuremate väekoondiste staapide ründamiseni. Sellele aitab tugevasti kaasa kapitalistlik-kulaklik osa Eesti elanikkonnast, kes omab veel palju äraandmata relvi.

Nõuan, et kõvendatakse staapide ja väeosade kaitset, sidevahendite valvet ja nende kahekordistamist kõigi abinõudega, et staabid ja väeosad ei jääks sideta.

Ründavaid bandiite tuleb kohapeal relvadega halastamatult hävitada.”

Viitseadmiral Tributsi käsu täitmiseks andsid Eesti enamlik rahvakomissaride nõukogu ja Eestimaa kommunistliku partei keskkomitee 24.juunil 1941.a. omakorda välja salajase korralduse „Dessandi- ja parašütistidevastase teenistuse organiseerimiseks”.

Korralduse põhjal pidi NKVD juures Tallinnas loodama staap dessantide ja langevarjurite vastu võitlemise juhtimiseks. Staabi koosseisu määramine jäeti NKVD hooleks. Maakondades pidid loodama maakondlikud staabid NKVD, NKGB, sõjakomissariaadi, miilitsa ja maakonna täitevkomitee esindajatest NKVD maakonna-osakonna juhtimisel.

Vallas pidi loodama vallastaap kohalikust täitevkomitee esimehest, miilitsaülemast ja NKVD või NKGB esindajast, kes ühtlasi oli ette nähtud staabi juhiks.

Igas vallas pidi olema 7-10 inimesest koosnev hävitusgrupp, kelle korraldusse tuli anda veoauto. Maakonnalinnades pidi loodama 30-60 isikust koosnev hävitusgrupp 5-7 veoautoga.

Enne kui saadi asuda seda korraldust täitma, tulid Moskvast lähemad instruktsioonid hävituspataljonide loomiseks, mille organisatsioon erines mitmeti kohalike enamlaste kavast.

Nimelt võttis Nõuk.Liidu rahvakomissaride nõukogu 24.juunil 1941.aastal vastu seadluse „Abinõude kohta võitluseks vaenlase langevarjurite-dessantide ja diversantidega rindelähedases ribas” ning samal päeval andis Nõuk.Liidu siseasjade rahvakomissar ja riikliku julgeoleku peakomissar Lavrenti B e r i a välja korralduse hävituspataljonide loomiseks.

Eestis hakkas seda korraldust rakendama Balti sõjaväeringkonna NKVD piirivalvevägede valitsuse ülem ja Eesti rindelõigu ülemjuhataja abi kindralmajor R a k u t i n , kes selleks 26.juunil 1941 andis järgmise käskkirja:

NSVL sovnarkomi seadluse „Abinõude kohta võitluseks vaenlase langevarjurite-dessantide ja diversantidega rindelähedases ribas” täitmiseks NSVL siseasjade rahvakomissar ja riikliku julgeoleku peakomissar Beria k ä s k i s :

1.Õigeaegseks ja edukaks võitluseks vaenlase langevarjurite-dessantide ja diversantidega rindelähedases ribas organiseerida Eesti Sotsialistliku Nõukogude Vabariigi NKVD piires operatiivgrupp.

2.Operatiivgupi ülemaks olen määratud mina. Minu asetäitjaiks määrati riikliku julgeoleku rahvakomissari asetäitja riikliku julgeoleku vanem-leitnant Š k u r i n ja siseasjade rahvakomissari asetäitja polkovnik L o b a n o v i t š .

3.24-tunnise tähtaja jooksul organiseerida linnades, rajoonide ja maakondliku NKVD osakondade ja jaoskondade juures hävituspataljonid 200-isikulises koosseisus vaenlase langevarjurite-dessantide ja diversantide vastu võitlemiseks.

4.Hävituspataljonid komplekteerida läbiproovitud, julgeist kommunistidest, komsomolidest ja nõukogude aktivistidest, kes on suutelised käsitsema relva, ilma neid nende töökohast ära tõmbamata.

5.Pataljonide koosseisu organisatsiooniliseks struktuuriks võtta rood, rühm, jagu.

6.Isikkoosseisu varustamisel kuulipildujatega, püssidega, püstolitega ja laskemoonaga toimida NKVD keskaparaadi arvel.

7.Hävituspataljoni komandöridele pealepandavate ülesannete täitmiseks laialdaselt ära kasutada NKVD ja NKGB agentuurteadete kogumise võrku ja selle kõrval luua oma tegevuspiirkonnas asustatud punktides ja tööstuskäitistes abistajategrupid.

8.Hävituspataljonide komandörid peavad olema tihedas sidemes partei, komsomoli ja pioneeride organisatsioonidega nende ärakasutamiseks diversantide õigeaegseks paljastamiseks ja likvideerimiseks.

9.Diversantide ja parašütistide avastamiseks tuleb laialdaselt vaatlejatena ära kasutada karjaseid, metsavahte, raudteede liinikontrollijaid, maanteede remonditöölisi jne.

10.Andmed õhudessandi või terroristlike gruppide ja üksikisikute ilmumise kohta peavad minu staabini jõudma 10-15 minuti jooksul.

Sellega oli sõjaväeliselt poolt pandud alus hävituspataljonide tapajõukude asutamisele. Kuid õige varsti anti sõjaväeliste ülesannete kõrval hävituspataljonidele hoopis laiemad tegutsemispiirid. Seda nimelt riikliku kaitsekomitee esimehe J . S t a l i n i kurikuulsa raadiokõnega 3.juulist 1941.a., kus püstitati „paljaks põletatud maa” loosung. Hävituspataljonid pidid selle järgi olema ja olidki tegelikult hoonetepõletajad, karja äraajajad ja ka kohalike elanike mõrvajad, mis hiljem nende peamiseks ülesandeks kujuneski.

Stalin oma 3.juuli kõnes ütles muu seas:

„...Me peame organiseerima halastamatu võitluse kõigi tagala-desorganiseerijate, desertööride, paanikatekitajate, kuuldustelevitajate vastu, hävitama salakuulajaid, diversante, vaenlase langevarjureid, ilmutades kõiges selles kiiret kaastööd meie h ä v i t u s p a t a l j o n i d e l e .

Punaarmee sunnitud lahkumise korral tuleb ära viia raudtee kogu veerev koosseis, jätmata vaenlasele ühtegi vedurit, ühtegi vagunit, jätmata vaenlasele ei kilogrammi leiba ega liitrit põletusainet. Kolhooslased peavad ära ajama kogu karja, vilja andma riiklikele organitele selle väljavedamiseks tagalarajoonidesse.

Kõik väärtuslik varandus, seehulgas värvilised metallid, vili ja põletusained, mida ei saa välja vedada, tuleb tingimata hävitada.

Vaenlase poolt okupeeritud rajoonides tuleb luua ratsa- ja jalapartisanide salku, luua diversioonirühmi võitluseks vaenlase armee väeosadega, partisanisõja säilitamiseks kõikjal ja igal pool, sildade ja teede õhkulaskmiseks, telefoni ja telegraafside rikkumiseks, metsade, ladude, vooride süütamiseks. Vallutatud rajoonides tuleb luua talumatud tingimused vaenlasele ja kõigile tema abimeestele, jälitada ja hävitada neid igal sammul, ajada nurja nende kõik kavatsused.

Koos Punaarmeega lähevad sõtta vaenlase vastu paljud tuhanded töölised, kolhooslased, haritlased...”

Stalini üleskutsest ilmneb nõukogude võimu äärmine hoolimatus inimelude, ka omamaise elanikkonna vastu. Kutsudes üles tsiviilelanikkonda ründama Saksa väeosi, hävitama varasid ja lõhkuma sidevahendeid, oli Stalin väga hästi teadlik selles, et ründavaid tsiviilelanikke nende vangilangemisel ei kohelda sõjavangidena, vaid rahvusvahelise õiguse põhjal lastakse kohapeal maha kui bandiite.

Stalini eeskujul avaldasid Eestimaa kommunistliku partei keskkomitee ja ENSV rahvakomissaride nõukogu 8.juulil „Üleskutse töötavale rahvale”, milles muuseas öeldi: „Varitsege ja hävitage vaenlast, ärge jätke vaenlasele mitte ühtki karilooma, mitte ühtki kilogrammi leiba, mitte ühtki liitrit põletusainet. Põletage ära laod ja voorid. Purustage vaenlase telegraafi- ja telefonside. Lõhkuge vaenlase tagalas raudteed. Laske õhku Saksa sõjaväerongid. Ajage nurja kõik fašistide kavatsused ja ettevõtted. Ärge andke fašistidel rahu ei ööl ega päeval. Materdage ja hävitage fašistlikku ussi igasuguste vahenditega...”

Stalini hävitamiskäsuga oli hävituspataljonidele ja tšekistidele Eestis antud üldvolitus elanike mõrvamiseks. Iga kodanik oli enamlike püssimeeste ees lindprii, igaühte võidi mõrvata salakuulaja või „diversandi” pähe, sest ei nõutud mingit puhtvormilistki kohtuotsust ja mõrvade üle ei olnud mingit kontrolli.

Eestis ei arenenud hävituspataljonide loomine algul kuigi libedalt. Hävituspataljonid olid nimeliselt asutatud küll juba 26.juunil, kuid nõutava koosseisu komplekteerimine edenes visalt. Seetõttu avaldas Eestimaa kommunistliku partei Tallinna linnakomitee 7.juulil 1941.a. üleskutse hävituspataljonidesse ja töölispataljoni astumiseks. Partei häälekandja „Kommunist” teatas 8.juulil , et „mitusada töötavat meest ja naist” olevat astunud hävituspataljonidesse, kuid üleskutset korrati hiljem veel mitu korda.

Tallinna töölispolgu asutamine aga sai kompartei Tallinna linnakomitee ja ENSV ametiühingute kesknõukogu ühise algatusena teoks alles 25.juulil.

Et hävituspataljone kokku saada, selleks tarvitati kõikjal pettust ja surveabinõudega sundimist. Nõnda näiteks kutsuti Viljandis töölised kokku 1.algkooli ruumidesse. Ustele paigutati relvastatud punaväelased, nii et kokkutulnuist keegi välja ei pääsnud; siis hakkasid maakonna täitevkomitee esinaine Elfriede P i i p , enamlik kingsepp O . A b o r i ja üks venelane tegema kõnedes kihutustööd „bandiitide vastu võitlemiseks”. Töölisi ei lastud enne lahkuda, kui nad olid andnud allkirja hävituspataljoni astumiseks.

Haapsalus saadeti linna ja ümbruskonda komsomoletsitele ja töölistele koju kutsed, tulla 27. või 28.juulil Haapsalu gümnaasiumi majja. Seal sunniti neid ähvarduste ja meelitustega astuma hävituspataljoni, öeldes, et kes ei ole nõukogude võimu vastu, see astub hävituspataljoni. Pealegi kindlustavat hävituspataljoni astumine jäämise kodumaale, vastasel korral viiakse mehed ikkagi mobilisatsiooni korras Nõuk.Liitu.

Esimesel värbamisel ei saadud siiski kokku rohkem kui 50 meest. 3.juulil sõjaväkke võetud kutsealused määrati sundkorras hävituspataljoni.