Moskvas 28.septembril 1939.a. Nõukogude Liidu survel sõlmitud vastastikuse abistamise paktiga algas Eestile ajajärk, mis viis saatuslike sündmusteni. Ühtlasi selle pakti tõttu oli Eesti sõjavägi sunnitud paratamatult astuma pidevasse kontakti Punaarmeega.

Lepingu järgi oli bolševikel õigus omada Eestis baase ja lennuvälju ning pidada kindlaksmääratud arvul sõjavägesid. Baaside kättesaamisega kiirustas Moskva äärmiselt. Juba 2.oktoobri hommikul kell 09.10 saabus erirongiga Tallinna Nõukogude Vene komisjon, kuhu kuulusid 14 liiget ja kes pidid sõlmima lisalepingu „vastastikuse abistamise pakti” raamides. Komisjoni Vene-poolseks juhiks oli Leningradi sõjaväeringkonna ülem 2.järgu armeekomandör Meretskov.

Eesti Vabariigi ja NSVL vastastikuse abistamise pakti artikkel 3-st tulenevate ülesannete teostamiseks ja selles ettenähtud kokkulepete ettevalmistamiseks määras sõjaminister 2.oktoobril Eesti-poolse komisjoni.

Komisjoni töö algas 4.oktoobri hommikul Ohvitseride Keskkogu ruumides, ja suurte lahkarvamustega. Vene sõjaväelased teatasid, et lepingu algtekst on diplomaatide töö ja neid see ei huvitavat. Nemad otsustavat küsimusi nii, nagu see neile sõjaväeliselt kasulik on. Nad nõudsid, et peale baasivägede paigutataks Eestisse veel garnisone 25 000 mehe suuruses, nõudsid edasi ratsakorpuse paigutamist Valga rajooni, garnisone Paidesse ja lennuvälju paljudesse kohtadesse Sise-Eestis. Esialgu venelastega kokkulepet ei saavutatud ja komisjoni töö katkes 5.oktoobril, millal N.Liidu esindajad sõitsid Moskva juhtnööride saamiseks. 9.oktoobril tulid nad tagasi ning siis jõuti kokkuleppele baaside asukoha suhtes Saare- ja Hiiumaal ning Paldiski rajoonis. Suurem vaidlus tekkis Muhumaa asjus, venelased nõudsid ka sealt baase, tähendades, et Moskvas olla Muhumaad peetud Saaremaa osaks. Eestlaste kindlal vastuseismisel loobusid nad lõpuks sellest nõudmisest.

Baaside maa-alaks määrati hulk maakohti Saare- ja Hiiumaal. Üldiselt oli venelastel kavatsus restaureerida I Maailmasõja ajal püstitatud Balti mere kindlustused, nn. Moonsundi positsioon. Paldiski rajoonis kuulus baasi maa-alasse Paldiski linn ühes Pakri poolsaarega, Pakri saartega ja Paldiski lahega.

Saaremaal määrati baaside maa-alad rannikul Kuressaare, Sõrve poolsaare, Kihelkonna, Undva nina, Tagalahe, Ninase panga, Kübarsaare ja Kõiguste lahe rajoonides ning saare sisemuses Karujärve juures, Astes, Pöides ja veel mõningais kohtades. Eriti suur rajoon kuulus üleandmisele baasi alla Sõrve poolsaarel ja Karujärvel; viimasesse punkti kavatsesid venelased koondada saare garnisoni maaväe enamiku.

Hiiumaal määrati baasid Tahkuna, Kärdla, Polli, Ristna, Sõru, Kuusiku, Putkaste, Valli, Vahtrepa ja Hiiesaare rajoonidesse.

Pealiskaudsel vaatlusel oli selge, et paljudesse kohtadesse paigutatud Vene meeskondade tõttu tekivad suured raskused Saaremaa ja Hiiumaa elukorralduses, eriti kui võtta arvesse Nõukogude Liidu teistsugust majanduselu korraldust, venelaste poliitilisi vaateid ja eesti keele mitteoskust.

Venelaste kindlal pealekäimisel tuli määrata peale baaside veel elamisrajoonid, kus N.Liidu baasiväed võisid paikneda kuni baaside väljaehitamiseni, kuid mitte kauem kui 2 aastat. Need rajoonid hõlmasid kogu Saare- ja Hiiumaa, Haapsalu-Palivere-Lihula-Virtsu rajooni ning Paldiski läheduses Laulasmaa-Klooga-Madise kiriku rajooni. Kuni vajaliku sõjasadama ehitamiseni Paldiski lubati N.Vene laevastikul provianteerimine ja vajaduse korral seismine Tallinna sadamas. Vene aerodroomide alla lubati kohe anda Kuusiku ja Kehtna riigimõisade maad, hiljem veel vastav maa-ala lõuna pool Padise kirikut Suureküla rajoonis.

Baaside rajooni elanikud kuulusid ümberpaigutamisele, samuti tuli kohe ära viia Kehtna naiskutsekoolid. Baaside piirid kuulusid täpsele määramisele koha peal, samuti nende maa-ala ning temal leiduvate ehituste väärtuste hindamine. Selle hindamise alusel tasuti tsiviilelanikkonna kahjud.

10.oktoobril jõuti viimaks kokkuleppele. Samal päeval anti ajakirjanduse kaudu teada, et venelaste tulek baasidesse algab 18.oktoobril, nii raud- kui maanteid mööda. Kava kohaselt pidi iga päev saabuma 8 rongi – kogusummas 82 rongi. Samuti olid kindlaks määratud venelaste sissesõidu-marsruudid.

Iseloomustuseks olgu toodud väike vahejuhtum venelasest liiklus-asjatundjaga. Esialgu teatas vastav asjatundja, et Nõukogude Liidu väed liiguvad maanteil 100-kilomeetrise tunnikiirusega. Hiljem esitas seesama mees vägede liiklusgraafiku, kus samade vägede liikumiskiiruseks põhjapoolseil teedel oli määratud 100 km päevas, lõunapoolseil teedel aga 65-70 km, arvestades päeva pikkuseks 8-10 tundi...

Esimese sõjalise „sõpruse” kinnituseks saabus 11.oktoobril Tallinna sadamasse Vene sõjalaevastik. Aga see sündmus möödus peaaegu tähelepanuta.