Eesti teises suuremas keskuses Tartus oli küüditamise käik üldjoontes sarnane nagu Tallinnas. Märkimisväärne on, et Tartus tegutsesid operatiivgruppide juhtidena enamasti Nõukogude Liidust tulnud tšekistid, kes saabusid Tartu paar päeva enne küüditamise algust. Arvatavasti ei peetud kohalikke punategelasi veel küllalt vilunuks selle „suure tähtsusega poliitilise ülesande” täitmiseks.

Küüditamise keskuseks oli Tartus end. Eesti Üliõpilaste Seltsi maja, Viljandi 1. Sinna kogunesid 13.juuni õhtul küüditajad ja samuti olid käsutatud veomasinad EÜS-i maja juurde. Seal toimus operatiivgruppide-brigaadide moodustamine, küüditamisele määratud nimekirjade väljajagamine ja brigaadide „tööle” lähetamine.

Poliitiline ja instrueerimiskoosolek peeti „Töölismajas” (end. Kaitseliidu maja), kust otse tuldi Viljandi tänavale.

Tartus oli küüditamise üldjuhiks Riikliku Julgeoleku Rahvakomissariaadi Tartu maakondliku osakonna ülem A f a n a s j e v – Venest tulnud tšekist, rahvuselt juut.

Tartu linnast küüditatud kodanikud viidi Tartu raudteejaama, kuhu paar päeva varem olid kohale toodud trellitatud loomavagunid. Ka Tartu ümbruse inimesed veeti kokku Tartu jaama.

Kuidas toimus Tartus küüditamine, sellest jutustab usaldusväärselt „Postimehes” nr.139, 13.VI 42 üks Tartu tööline, kes nagu paljud teisedki käitistöölised pahaaimamatult töölismajja koosolekule ja sealt inimeste kokkuvedamisele käsutati, järgmist:

„Olin parajsti tulnud maalt õe poolt ja olin naisega otsustanud minna „Vanemuisesse”, kui kella poole viie ajal piletisabas seistes käitise ametiühingu esimees tegi korralduse mul minna kella 5-ks töölismajja koosolekule. Et see soov tuli käsuna, läksin lootuses, et jõuan teatriajaks tagasi.

Töölismaja peauksel seisis koosolekule tulijaid kontrollima määratud juut. Et olin hilineja ja juhuslikult saadetud, polnud mul mingit tõendit. Juut nõudis seletust, kes mind koosolekule volitas. Saanud vastuse, et alles mõnekümne minuti eest tehti see korraldus tänava peal, laskis ta mind koosolekusaali. Suur töölismaja saal oli viimse kohani täis ning parajasti oli kõnelemas Tartu kultuurimaja juhataja, kes rääkis viletsast olukorrast teistes maailma riikides, kuidas Ameerika hävitab vilja ja hiina rahvas nälgib – rääkis kõigest sellest, mida varem juba tüütuseni kuulatud. Seepärast otsustasin oma töökaaslasega koosolekult lahkuda, et õigeks ajaks teatrisse jõuda. Saalist lahkudes leidsime töölismaja uksed suletuna ning uste juures eranditult juutide valve, et keegi ei pääseks välja. Oli näha, et sellest majast ei pääse välja enam keegi ükskõik missugusel põhjusel.

Koosolekule tagasi minnes kuulasime kõnesid kella 8-ni. Kõnede lõppedes tehti teatavaks vaheaeg ning paluti minna alla söögisaali. Öeldi, et sealt saame odavasti süüa, sest meil tulevat pikem kodust äraolemine.

Kella poole kümne ajal kutsuti kõik uuesti saali ja kõnelema asus tumedavereline venelane. Et ma vene keelest midagi ei taibnud, jäi esiotsa selguseta, miks paljud muutusid venelase kõnet kuulates kahvatuks ja murelikuks.Kõne lõppedes aplodeerisid parteitegelased venelasele tublisti, sellega liitusid needki, kes tema kõnest midagi ei taibanud. Venekeelse kõne tõlkis eesti keelde partei sekretär A v a l d , millest selgus, et meil tuleb osa võtta „kulakute” ja endiste ärimeeste asumisele saatmisest ning see töö algab juba täna öösel. Kui keegi sellest oma tuttavatele räägib või teel töölismajast Viljandi tänaval nr.1 asuvasse küüditamise keskusse minnes lahkub, siis sünnib nendega sama, mis täna öösel teistega.

Kõne lõppedes üks ülikooli ringkonda kuuluv parteiliige tähendas koosolijatele, et kuna olete andnud vande, et täidate bolševistlikult partei käske, siis tänane töö on teile esimeseks prooviks partei käskude täitmisel.

Kui seletati, et kõik koosolijad pole parteiliikmed, ütles üks parteiliige, et mitteparteilasi on kutsutud selleks, et neid välja õpetada tuleviku jaoks, sest tulemas on veel suurem asumisele saatmine. Selle küüditamisega peavad nad omandama sedavõrd kogemusi, et järgmistel küüditamistel ise olla iseseisvad brigadirid. Lähemaist instruktsioonidest küüditamise läbiviimise kohta selgus, et igale brigadirile – iga küüditamise üksiksalga juhile – antakse kaasa relvastatud punaarmeelane, miilitsamees ja üks koosolekust osavõtja abibrigadirina. Ülesanne, mis antakse küüditamise tegeliku läbiviimise keskuses, Viljandi tn. 1, end. EÜS-i ruumides, tuleb täita vääramatult. Anti veel teisigi juhtnööre, kuidas kohelda küüditatavaid, kui palju lubada pagasit kaasa võtta. Mahajääv kraam tuli täpselt üles kirjutada ja anda mõne küüditatava sugulase või tuttava hooldamisele, kelle hoole alla jääb varandus kuni müümiseni, millest saadav raha pidi saadetama küüditatuile Siberisse järele.

Teel töölismajast Viljandi tänavale läksime koos kolm omavahelise usaldusega meest ning oli mõte püüda teel leida sobivat võimalust teatada eelseisvast kurjast plaanist mõnele tuttavale, kuid ootamatult liitus meiega veel neljas, meile tundmatu mees ja meie plaanil oli lõpp.

Kella 10 ajal Viljandi tänavale jõudes oli seal ootamas ja saabumas palju autosid ning rohkesti miilitsamehi. Koguneti suurde saali ning üks venelane, kes oli töölismajas kõnet pidanud, hakkas jagama brigadiridele küüditamise akte. Et mitmed küüditamissalga juhid nime hõikamusel ei läinud aktile järele, käsutati kõik aeda rivisse. Kui aktid olid välja jagatud, hakkasid brigadirid käitistest saadetud abiliste hulgast endale abilisi valima.

Et pääseda küüditamisele minekust, läksin kaaslastega väljakäigukohta, kus viibisime, kuni kõigil olid juba abilised leitud. Kella üheks olid peaaegu kõik autod välja saadetud. Tulime „peidukohast” välja, kuid ootamatult valis tuntud punase tegelase Virsa vend – GPU agent Ramon V i r s a – mu kaaslase enesele abiliseks. Et olime seni suutnud end hästi varjata, oli kahju nüüd lõksulangemise pärast; nägin, et mu kaaslane nuttis. Tema äramineku järel peitsin end aia põõsastesse. Tahtsin ka üle aia põgeneda, kuid väljaspool aeda oli igal pool relvastatud punaväelaste valve. Valgeksminekul läksin ruumi.

Vene major, nähes mind külmanuna ja arvates, et tulen küüdist, sest parajasti tuli üks küüdimeeskond tagasi, saatis mu saali kõrval asuvasse sooja tuppa. Vahepeal tuli tagasi autosid ja neile anti ikka uusi ja uus väljasaadetavate nimestikke.

Samas ruumis hoidis küüditamisele saatmisest end kõrvale ka keegi komnoorte sekretär, keda teised sõimasid „vedelaks”. Seejärel tuli üks maalt päritolev mees ja ütles, et varsti on töö läbi ja läheme sööma. Seejärel selgus, et tänavatelt on võetud valve, mispärast otsustasin koju hiilida, mis mul õnnestuski takistuseta.”

11.juunil saadeti Tallinnast rong trellidega loomavaguneid (ca 30) Haapsalu suunas.Teel jäeti rongist vaguneid Läänemaa küüditatute jaoks ettenähtud kogumispunktidesse-jaamadesse maha, mistõttu Haapsallu saabus umbes 10 vagunit. 12.juunil jõudsid Haapsallu küüditamise eriteadlased – Venest tulnud tšekistid – umbes 30 meest.

Küüditamise koosolek toimus kohalikus NKVD majas, kuhu käsutati kokku parteiliikmeid ja NKVD usaldusmehed 13.juunil kell 19.

Veomasinad olid kohale käsutatud juba paar tundi varem. Tegelikult alustati küüditamisega südaööl. Autojuht, kes sõidutas küüditamise korraldajaid tol õhtul maal ringi, jutustab inimeste veost järgmist:

„13.juunil tehti korraldus tulla autoga täiendavale masinate järelevaatusele kell 17 miilitsahoone ette. Ootasin ühes teistega seal kuni kella 19-ni. Kokku oli käsutatud autod Haapsalust ja Läänemaalt. Masinate järelevaatust ei olnud, tuli Haapsalu autoinspektor, kes korjas juhtidelt sõiduload ja tegi korralduse sõita algkooli hoovile, kuhu oli juba varem kogunenud osa sõiduked. Kuna olin lõunatamata ja kerges riietuses, palusin luba kojuminekuks. Seda mulle ei lubatud.

Umbes kella 20 ja 21 vahel tehti korraldus väljasõiduks. Üks osa autodest liikus NKVD poole, kuna teine osa peatus platsil, mis asub Mere ja Wiedemanni tänavate ristlemisel. Siin läks masinatesse kaks kuni kolm piirivalve riietuses vene sõjaväelast ja üks kuni kaks eraisikut. Need masinad sõitsid kõik maale.

Peagi ilmus minu juurde erariides mees, istus autosse ja käskis Virtsu sõita. Tal oli käes pakk lehti, milledele oli tehtud pliiatsiga märkusi. Istudes minu kõrval lehitses ta pabereid ja oli ilmselt närviline. Minuga ei rääkinud ta üldse. Olles sõitnud juba mõnikümmend kilomeetrit Lihula suunas, küsisin: „Miks Haapsalust täna nii palju masinaid välja sõitis?” Vastas, et seda ei saavat ta praegusel momendil ütelda. Olime juba Lihula lähedal, kui ta järsku küsis: „Kas teate, kelle käsutuses te praegu olete?” Vastasin, et ei tea. Seepeale teatas ta, et ma olevat SARK-i käsutuses. Lihulasse jõudnult peatusime end. politseijaoskonna ees. Seal oli juba ka varem autosid. Peagi ilmus kohale salk vene sõdureid, kes läksid majja. Natuke hiljem paigutati neist paar-kolm igasse veomasinasse, lisaks veel üks kuni kaks eraisikut ja masinad sõitsid välja. Minule tehti korraldus sõita tagasi ja teatada endast SARK-i ees seisvale valvurile.

Haapsallu jõudsin 14.juuni hommikul, umbes kella 2-3 paiku. SARK-i juures kästi mind oodata. Umbes kell neli tuli minu juurde nahkmantlis NKVD mees ja käskis mind sõita Haapsalu raudteejaama. Seal avanes mulle selge pilt olukorrast. Rööpail seisis trellitatud loomavaguneist koosnev rong, mille juurde sõitis pidevalt sõidukeid, tuues kaasa nii üksikisikuid kui perekondi, kelledel oli kaasas kohveid ja voodilinadesse pakitud hädavajalikke asju. Nuttu ja hädaldamist palju. Mehed eraldati kohe ja juhiti rongi eesotsas olevaisse vagunitesse. Pakid soriti läbi sõjaväelaste ja erariides olevate meeste poolt. Pakkidest eraldati albumeid, pilte, kaustikuid. Osa äravõetud kraamist toodi ka minu autosse.”

Haapsalu jaamaametnik jutustab: „Rong trellitatud loomavagunitega seisis kolmandal teel ja toodi sinna juba paar päeva varem. Kui küsisin venelastelt, milleks sarnane trellidega rong toodud on, siis seletati mulle, et sellega viiakse Hiiumaal baasitöödel olnud inimesi koju. Neid veetavat niikaua mööda Venemaad, kuni neil kaob arusaamine, kus nad baase ehitasid.

Minu valve algas 14.juunil kell 19.00. Otsisin põhjust, et pääseda rongile lähedale. Käisin kord vaguneid üles kirjutamas, kord pukse üle vaatamas. Vagunid olid inimestega täidetud. Ühest vagunist tõsteti keegi haigestunu välja ja paigutati teise vagunisse. Siis nägin ka vaguni sisse, kus tundsin mõned Haapsalu inimesed ära. Valvel olevat venelast paluti ust lahti jätta, kuid see tõmbas ukse siiski kinni ja riivistas selle.

Kella 22 ajal tuli jaamakorraldaja ruumi SARK-i tegelane V i t s ja käskis kõigil peale minu ruumist lahkuda. Ta võttis ühenduse Taebla valla täitevkomitee esimehega. Saanud ühenduse, küsis ta kellegi äraviidu V. kohta, kas see kuulub A või B liiki? Vastati, et A liiki. Seepeale vastas Vits: „Kui A liiki, siis on tarvis kirjeldust enam kui üks lehekülg.” Käskis teha pikema kirjelduse ja saata see Haapsallu, kuna rong ootavat.

Kuna Haapsalus oli vaguneid inimeste jaoks vähe, siis kõlistas üks küüditamise korraldajaid jaamast Tallinna ja nõudis vaguneid juurde. Nagu telefonikõnest aru sain, oli ühendus Särega. Tallinnast vastati arvatavasti, et vaguneid juurde ei saa, kuna kõneleja kordas: „Niisiis ainult elujõulisi.” Vagunite vähesuse tõttu paigutati vagunisse kuni 50 nimest.”

Samalaadselt, nagu eespool esitatud, toimus rünnak süütuile inimestele üle maa. Valdades ja alevikkudes teostasid küüditamist sama koosseisuga brigaadid nagu linnadeski. Kaasa aitasid ja teejuhtidena tegutsesid kohaliku täitevkomitee liikmed ja miilitsamehed. Inimesed veeti veoautode ja omnibussidega raudteejaamadesse, kus paigutati vagunitesse.

Maal ei läinud küüditamine igal pool nii libedalt kui linnas. Maal olid põgenemisvõimalused suuremad ja seetõttu ei tabatud kõiki otsitavaid isikuid. Küüditamissõitude kohta maal jutustab üks väljakäsutatud veomasina juht: „Mind kästi sõita Harku vallamaja juurde. Seal tuli veel autole Harku valla täitevkomitee esimees L e e s a a r , kes oli sõitudel teejuhiks. Kõigepealt sõitsime Alliku külasse. Mehed läksid autolt maha ja piirasid talu elumaja sisse. Varsti toodi autole üks keskealine mees, kehvas riietuses, kes minu äranägemise järgi paistis olevat talusulane. Mehel oli superfosfaadi kotis pamp kaasas. Viisime mehe vallamaja juurde, kuhu oli sõitnud Laulasmaa omnibuss, ja mees paigutati omnibussile.

Vallamaja juures nägin ka, et endine Harku vallasekretär viidi ühes naisega omnibussi. Siis oli juba valge. Järgmiseks sõitsime Mustajõele. Leesaar juhatas teed ja paistis, et tema teadis, keda kinni tuleb võtta. Minule jäi mulje, nagu oleks Leesaar ise ülesandja olnudki, kuna tema näis nõnda innuga asja juures olevat. Mustajõelt toodi ühest väiksest majast keskealine mees ära. Kuulsin, kui see mees päris, et mis kurja olen teinud, et kas sellepärast, et olen omale väikse maja korjanud, viiakse mind nüüd ära. Mees pandi autole ja edasi sõitsime paremale poole mere äärde – koha nime ei tea. Auto jäeti ühe talu juurde seisma, üks püssimees jäeti auto peal olevat meest valvama, teised läksid hoonete vahele. Seejärel kostis revolvripauke. Varsti tulid küüditajad tagasi, aga kaasas ei olnud neil kedagi. Inimene, keda püüti, oli saanud nähtavasti ära põgeneda. Edasi sõitsime Aegna poole. Seal otsiti, kuid kedagi kätte ei saadud. Siis sõitsime edasi Vääna. Enne seda auto peal olnud kinnivõetu paigutati omnibussi. Väänas küüditajad võtsid kinni ühest talust tee äärest perekonna: mehe, naise ja kaks last. Need inimesed pidin sõidutama Keilasse. Keilas seisis rong – loomavagunid trellitatud akendega, kuhu kinnivõetud inimesed pandi. Keila jaama juures oli rohkesti veomasinaid ja neid tuli inimestega järjest juurde.”