Hävituspataljonid allusid kurikuulsale NKVD poliitilisele osakonnale ja moodustasid operatiivgrupi, mille ülemaks oli kindral R a k u t i n ja staabiülemaks major L u s k a t o v .

Et venelased ei tundnud kohalikke olusid, tekkis tarvidus luua allstaap „hävituspataljonide staabi” nime all, kes juhtis hävituspataljonide tegelike ülesannete täitmist.

Hävituspataljonide üldjuhatajaks Eestis määrati juut P a s t e r n a k , kes selle „kõrge” ülesande jaoks sai kapteni aukraadi. Juut Pasternak sai hiljem surma Kalesi küla juures metsavendade kuuli läbi.

Hävituspataljonide komissariks määrati kommunistliku partei Tallinna linnakomitee sekretär eestlane Feodor O k k ja staabiülemaks venelane kapten V l a d i m i r o v .

Kogu Eesti maa-alal moodustati 13 hävituspataljoni: Tallinna, Tartu, Narva, Harju, Rakvere, Võru, Valga, Petseri, Viljandi, Pärnu, Haapsalu, Kuressaare ja Paide. Tallinnas loodi „Tallinna töölispataljoni” nime all veel üks hävituspataljon, mis hiljem jagunes mitmeks iseseisvaks hävituspataljoniks.

Et hävituspataljonid olid määratud tegutsema peamiselt kohalike elanike vastu ja enamlased ei usaldanud posti- ega telefoni-telegraafiametkonda, kardeti, et hävituspataljonide „sõjasaldused” saavad rahvale teatavaks. Selle vältimiseks ei tarvitatud hävituspataljonide kohta linnade ja maakondade nimetusi, kuhu nad territoriaalselt kuulusid, vaid numbreid.

NKVD poliitilise osakonna operatiivgrupi staabi ülem major Luskatov saatis 3.juulil 1941 kõigile hävituspataljonide komandöridele järgmise täiesti salajase korralduse:

„Eestimaa kompartei keskkomitee ja ENSV rahvakomissaride nõukogu korraldusel, konspiratsiooni eesmärgil, on kõigile hävituspataljonidele määratud järgmine numeratsioon:

Edaspidi kõigil telefonikõnelustel, posti- ja telegraafilistes ettekannetes kasutada ainult määratud numbrit.

Iga IB staabis sisse seada sõjalise tegevuse päevik, kuhu sisse kanda pataljoni kogu töö. Kõigil operatiivgrupi staapi saadetavail ettekannetel peab olema väljasaatmisnumber.”

Kuid sellest oli veel vähe. Pandi maksma sidepidamises täielik kood. Sellekohane salajane korraldus kõlab järgmiselt: „Pidada operatiivse iseloomuga telefonikõnesid ligilisatud koodi järgi. Hoiatan, et operatiivse iseloomuga kõnede pidamise eest lahtise tekstiga, mille tagajärjeks on operatiiv-olukorra avalikkusele teatavaks saamine, võib anda sõjatribunali kohtu alla.”

Kood oli järgmine: nr.1-39 – tähed, märgid, maailmakaared, 40 – kindral R a k u t i n , 41 – polkovnik I v a n o v , 42 – brigaadikomissar P o t e h h i n , 43 – alampolkovnik O k o j e v , 44 – alampolkovnik P r o s v i r i n , 45 – kapten G a v r j u k o v , 46 – vastane, 47 – asusin kaitsele, 48 – pommitamine, 49 – ootan ettekannet, 50 – kus asute?, 51 – hävitada!, 52 – saatke tagasi, 53 – üles otsida!, 54 – oodake juhiseid, 55 – oodake toetust, 56 – mis teha?, 57-62 – väeosade alljaotused, 63 – maandus õhudessant, 64 – kaotusi ei ole, 65 – olen sisse piiratud, 66 – NKVD piirivalvevägede poliitiline osakond, 67 – teatage, 68-80 – mitmesugused leppemärgid.

Hävituspataljonide koosseis oli normaalselt kavatsetud: 3 roodu a 3 rühma. Esialgselt määrati K. S ä r e  korraldusega iga hävituspataljoni korraldusse kolm 3-tonnist veoautot, mis alaliselt seisid hävituspataljoni komandöri käsutuses. Peale selle anti hävituspataljonide komandöridele õigus varuda endale teatav arv asutuste ja ettevõtete veoautosid, mida vajaduse korral võidi käsutada hävituspataljoni väljasõiduks.

Liiklusvahendite arvu suurendasid hävituspataljonid aga omal algatusel mootorrataste ja jalgrataste röövimise teel eraisikutelt. Nii oli 25.juulil 1941 mitme purukslöödud hävituspataljoni riismeist moodustatud 3.hävituspataljonil liiklusvahendeid järgmiselt: 3 veoautot, 1 omnibuss, 5 sõiduautot, 1 vene tankett, 20 mootorratast ja 50 jalgratast. Pataljoni isikkoosseisu suurus sel ajal oli 309 isikut.

17. (Viljandi) hävituspataljonil oli 163-mehelise koosseisu juures 6 sõiduautot, 12 veoautot, 4 omnibussi, 4 mootorratast ja 1 sanitaarauito.

Näitena, kuidas hävituspataljonid isegi riiklike asutuste sõiduvahendite suhtes toimisid, olgu juhtum Tallinna sisehaiglast. 15.juulil 1941 korraldas 4.hävituspataljon haigla läbiotsimise. Lahkudes jäeti oma „Chevrolet” auto, mis hävituspataljonile ei meeldinud, maha ja viidi ära DKW-auto. Haigla juhataja nõudis hävituspataljonide staabi komissari Feodor Oki kaudu haigla auto tagasi.

Ka relvastus oli mitmesugune. 3.hävituspataljonil oli 1 raske- ja 8 kergekuulipildujat, 17. hävituspataljonil 3 raske- ja 2 kergekuulipildujat.

7. (Tallinna) hävituspataljonis moodustati leitnant Aleksei Ž u r k a n i juhtimisel kuulipildujarood, teistel pataljonidel olid aga 3-5 kuulipildujat (raskekuulipilduja „Maksim”, kergekuulipilduja „Madsen”) jaotatud roodude vahel.

Hävituspataljonide toitlustamine pandi enamliku rahvakomissaride nõukogu ja kommunistliku partei keskkomitee otsusega riiklike varustusasutuste peale. Sel ajal kui Eesti linnade elanikele ei olnud enam anda kõige hädalisemaidki toiduaineid, määrati hävituspataljoni meestele luksuslikud toidunormid. Hävituspataljoni koosseisu kuuluva isiku toidunorm päevas oli ümmarguselt 3 kg toiduaineid.

Kommunistliku partei Tallinna linnakomitee otsusega kohustati Tallinna toitlustrusti toitlustama nende normide alusel 1900 hävituspataljoni meest 3 korda päevas. Kuna toiduaineid oli juulikuu teisel poolel juba äärmiselt vähe, pöördus Tallinna toitlustrust 18.juulil kirjalikult kommunistliku partei keskkomitee ja kaubanduse rahvakomissariaadi poole, paludes kiiret korraldust, et kõik load toiduainete saamiseks, mis välja antud teistele asutustele ja organisatsioonidele, kohe annuleeritaks ja nendele määratud toiduained antaks Tallinna toitlustrustile hävituspataljoni meeste toitlustamiseks.

Hävituspataljonide asutamisel kohe loodud 7. (Tallinna) hävituspataljon paigutati Tallinnas Veetorni tän.7. Pataljonis oli umbes 300 meest.

6.juulil moodustati „Tallinna töölispataljonist” kaks iseseisvat hävituspataljoni, nr. 1 ja 2. Mõlemad paigutati korterisse Imanta tän. nr.6. „Tallinna töölispataljonis” oli 150 meest kommunistliku partei liikmeid ja liikmekandidaate. Pataljoni ümberformeerimisel kaheks hävituspataljoniks saadeti kummassegi juurde komsomoletseid ja peamiselt venelastest töölisi.

4. (Tallinna) hävituspataljon formeeriti 4.juulil 1941, koosseis ligi 350 meest, neist 35 parteiliiget ja liikmekandidaati. Pataljon paigutati Endla tän.50.

3. (Tallinna) hävituspataljon moodustati 25.juulil 1941 Viljandi, Võru ja Paide hävituspataljonide riismetest, andes neile juurde osa Tallinna 7.hävituspataljonist.

1. (Tallinna) hävituspataljon, mille koosseisu suurendati komsomoletsite ja parteitutega kuni 300 meheni, ühendati 25.juulil 1941 Pärnu hävituspataljoni riismetega, sest mõlemad pataljonid olid kaotanud palju mehi. Pataljoni nimeks jäi 1.hävituspataljon. 1.rood pataljonist paigutati Järvakanti.

Oma tegevusaja jooksul elasid hävituspataljonid üle mitmesuguseid ümberformeerimisi. Viimane oli 18.augustil 1941, mil Tallinna hävituspataljonid koondati Tallinna, kus nendest moodustati 1.Eesti Kütipolk. See saadeti 21.augustil Perila ja Kiviloo mõisade juurde, kus enne lahingusse rakendamist polku täiendati teiste hävituspataljonide riismetega.

Polk sai aga sakslaste käest rängasti lüüa ja taandus Tallinna, kus üritas 26. ja 27.augustil 1941 veel vastupanu Saksa vägedele, kuid olukorra lootusetuks osutudes viidi osalt Miinisadamasse, osalt Koplisse laevadele laadimiseks. Laevaruum osutus aga väheseks. Laevadele lastiti kõige pealt kõrgemad juhid, siis vähesed juudid, kes veel olid siia jäänud, siis politrukid, nooremkomandörid ja vene rahvusest hävituspataljonimehed.

Eestlasi laevadele ei lastud. Kes salaja koos eesõigustatutega laeva puges, see aeti tagasi. Kui öö läbi oli asjatult laeva oodatud, anti eestlastest hävituspataljonimeestele nõu püssid sadamasse maha jätta ja koju minna. Meestele, kes olid tapnud, vägistanud ja põletanud, kes seetõttu teadsid, et tuleb karm kohus, anti head nõu murda sakslaste rindest läbi ja tungida välja Narva, mis venelaste jutu järgi pidi olema Punaarmee käes.

Tallinna kogunes umbes 100-meheline jõuk, kes tegi katset läbi murda, kuid see lõppes juba Kadriorus. See oli ühtlasi ka hävituspataljonide häbitegude lõpp mandril.

Saaremaal jagati hävituspataljon pärast mandri vabastamist gruppidesse, igasse valda 15 meest, kelle ülesandeks oli peamiselt karja talunikelt ära ajada Sõrve poolsaarele, kus loodeti Saksa vägedele pikemat aega vastu panna. Seal võtsid Saaremaa hävituspataljoni riismed osa ka sõjategevusest sakslaste vastu.