Vormsi saare vallutamisele asuti 10.septembril koos sakslastega. Sellest võttis osa omakaitse kompanii Haapsalust. Saarel täitsid omakaitselased tagala puhastamise ja julgestamise ülesandeid. Saar vallutati täielikult 12.septembril. Omakaitselastel kaotusi ei olnud. Vange võeti saarel mitmel pool. Sõjasaak läks sakslaste valdusse. Raskemad võitlused Vormsil olid Saksby tuletorni juures. Vormsi vallutamisega oli astutud esimene samm saarte vabastamisel. „Erna” salga tegutsemisest oli lähemalt eelpool.

Muhumaa ja Saaremaa olid bolševistliku sõjajuhtkonna poolt kõvasti kindlustatud. Sinna oli jäetud küllalt vägesid saarte kaitsmiseks ja sealt saadeti vägesid maale isegi mandrioperatsioonide ajal. Seal oli küllaldasel arvul ka lennukeid, mis vahete-vahel teostasid rünnakuid ühte või teise punkti mandrialal, eriti Pärnule. Saksa poolt asuti saarte vallutamisele aegsate ettevalmistuste järgi. Selleks luurati välja vastaspoole asetus ja maabumispaigad, toodi kohale kiirpaadid ja rakendati tegevusse suuremad lennuüksused. Koguti ja valmistati ette vastavad omakaitse salgad (Pärnu rannavalve-meeskond jt.). 14.septembril maabusid esimesed dessantosad Muhu saarel ja Kübarsaare juures Saaremaal. Samal päeval vallutati tervelt Muhu vald. Seejärel tungiti üle tammi ja 17.septembril vallutati Pöide vald. Edasi arenes edasiliikumine järjekindlalt ja vallutati üks vald teise järel. 18.septembril Valjala vald, 19.septembril Laimjala ja Pärsamaa vallad, 20.septembril Kaarma ja Mustjala vallad, 21.septembril Kuressaare linn ja Kärla, Leisi ning Pihtla vallad ja 22.septembril Kuressaare, Kihelkonna ning Lümandu vallad. Seni edukalt arenenud pealetung kohtas seejärel Sõrve-Säärel visa vastupanu. Ligi kaks nädalat kestnud vastupanu järel murti rinne läbi ja vallutati Saaremaa lõpposa, Sõrve poolsaar. Salme vald vabanes 3.oktoobril ja Torgu vald 4.oktoobril. Pärnu rannavalvemeeskond tegutses selle tegevuse juures ajavahemikust 20.augustist kuni septembri keskpaigani Kübarsaare juures, Muhu väinas ja Sõrves. Saaremaa vallutamisel saadi 12 531 sõjavangi ja sõjasaagiks 161 suurtükki.

Eriolukorrast tingituna ei kujunenud Saaremaal metsavendlust sel kujul nagu see sündis mandril. Eriolukorra lõid baaside ehituse tõttu Saaremaal tekkinud Punaväe üleujutus ja samuti seoses sellega ka bolševistlike agentide rohkus. Teiseks oli Saaremaal suur küüditatute ja arreteeritute arv, mis omas mõju eriti paralüseerivalt metsavendade organiseerimisel arvesse tuleva juhtkonna suhtes – Saaremaal elunevast ohvitserkonnast jäi järele vaid 2,5%. Neile takistavaile asjaoludele vaatamata organiseerus Kuressaare juuli algul grupp, kes pidevalt jälgis sündmusi (raadio teel ja telefonivõrgu kaudu) ja oli valmis soodsa olukorra tekkimisel tegevusse astuma. Äraandmise tõttu tekkis grupi liikmetele juuli algul arreteerimisoht, kuid samal silmapilgul alanud õhualarm tekitas häire, mis võimaldas asjaosalistel Kärlasse ja Lümandusse metsa põgeneda. Metsa viidi kaasa 2 püstolkuulipildujat, vintpüsse, püstoleid ja laskemoona. Öösel järgnes esimestele metsavendadele postkontori välisvalvest 2 miilitsat ühes täie varustusega. Põgenejatele korraldati aga kohe haarang hävituspataljoni ja miilitsa poolt. Tekkinud tulevahetusel sai surma 2 metsavenda, kuna 2 miilitsat arreteeriti ja mõrvati. Septembri algul moodustus ka Leisis teatud rakuke omakaitse ülesannetega. Viimane aga enne sakslaste tulekut tegevust ei alustanud, kuid rakendus kohe sakslaste saabudes.

Eriline olukord tekkis aga Ruhnu saarel. Ruhnus asunud 14-st punaväelasest lahkus 10 tuletorni paadil juuli algul. Ülejäänud 4 aga vahistati omakaitselaste poolt kavalusega 9.juulil. Relvadeks olid ruhnulastel algul miilitsalt äravõetud hülgeküttimise püssid ja 4 punaväelaselt äravõetud püssi. 20.juulil asendati valla täitevkomitee endise vallavalitsusega. 30.juulil avastati ja vahistati saarel 3 punalaevastiku poolt raadiojaamaga maale saadetud luurajat. Need vangistati, relvad aga jagati ruhnulastele. 1.augustil tulid saarele 3 Pärnu omakaitselast mootorpaadiga, tuues kaasa relvi ja laskemoona. Järgneval ööl löödi tagasi saarel maabuda püüdev punaväelaste salk. Maale heidetud käsigranaatidest said kergesti haavata 2 ruhnulasst. 3.augustil lahkusid Pärnu omakaitselased, viies kaasa punaväelased ja luurajad. Relvastatud ruhnulasi oli sel ajal 70 meest, eesotsas J.Merendiga, kes oli endine määratud täitevkomitee esimees. Järgnesid õhurünnakud Ruhnule. Pommid langesid peamiselt põldudele. Peale ühe naise surmamise nimetamisväärset kahju ei tekkinud. 6.augusti hommikul ilmus saare juurde 15 laeva ja saarele maabus 500-700-meheline Punaväe dessant. Selle ülekaalu ees ruhnulased vastuhakkamisele ei mõtelnud, vaid põgenesid metsa. Saare väiksuse ja punaväelaste rohkuse tõttu oldi sunnitud varsti metsast välja tulema ja ära andma relvad ning laskemoon. Vahistati senine ruhnulaste juht ja koolijuhataja. Küla läbiotsimisel leiti 2 ruhnulase juurest laskemoona ja mõlemad viidi koos vahistatutega laevale. Saarele jäi Punavägi umbes kuuks ajaks, lahkudes sealt 6. või 7.septembril, vahepeal muud erilist kahju tekitamata. Saarele jäeti maha 6 läti kommunisti. Mõni päev hiljem sõitsid kohale Pärnu omakaitselased Saksa ohvitseriga eesotsas. Läti kommunistid arreteeriti. Ruhnul loodi 40-meheline omakaitse. Kuressaare vabastamise järel leiti seal mõrvatud ruhnulaste juhi laip.

Tule ja sõjamöllu hävitustöö ei olnud suuremal osal Saaremaal eriti suur. See oli tingitud asjaolust, et sõjasündmused arenesid kiirelt, välja arvatud Sõrve-Sääre kael, kus arenesid kahe nädala jooksul hävitavad lahingud. Seal lahingutallermaal hävinesid mitmed külad. Salme ja Suurna külad on täiesti varemetes. Saaremaal kannatasid sõjamöllust 441 majapidamist. Eriti suured olid aga kaotused loomade alal. Hilisemal loendusel selgusid järgmised kaotuste arvud: 1000 hobust, 15 500 veist, 31 000 lammast ja 14 000 siga.

Ligi kuu aega pärast Saaremaa operatsiooni algust algas Hiiumaa operatsioon. Koos sakslastega võtsid sellest osa Haapsalu formeeritud omakaitselaste üksused, mis koosnesid nii saartelt päritolevaist meestest kui ka eriti selleks operatsiooniks kogunenud omakaitse meestest mujalt. Saarele jõudnud, paisusid need üksused kohalike juurdetulijate arvel. Sellest kujuneski Hiiumaa omakaitse. Hiiumaale läks edasi ka Saaremaa vabastamisest osa võtnud omakaitselaste gruppe. Meeskondade üleveost ja maaletoimetamisest võttis osa peale sõjalaevastiku laevade ja paatide ka kalapaate. Maabuti pühapäeval, 12.oktoobril Hiiu lõunaserval, kahes kohas läänerannikul ja lõunatipu juures. Mõlema punkti vahe oli umbes 20 km. Punaväega algul kokkupõrkeid ei olnud. Lõunarannikul maabunud osa kattis enne ära 10 km, kui kohtas esimest punaväelast. Mõne tunni järel mõlemad maabunud grupid ühinesid, lõigates ära muust osast Hiiumaa lõunatipu koos Sõru sadamaga ja poolikult väljaehitatud Hindu tugevate patareidega. Tohvri baas ja patarei vallutati 12.okt. õhtupoolikul. Lõunatipust alanud Hiiumaa vallutamine edenes peamiselt mööda idaserva teed põhja suunas. Liikumise peasuund oli Emmastest – Käina – Kärdla peale. Järgmisel päeval üritas Punavägi ägedamat vastupanu Nurste küla juures, mis kestis vaid veidi üle kolme tunni. Seejärel oli tõsisemaid vastupanuavaldusi vaid Puski juures. Emmaste vald puhastati bolševikest 13.oktoobril. Kokkupõrkeid oli peale Nurste veel Tohvri baasi ja Valgu küla ümbruses. Käina vallas kestsid võitlused 13. kuni 15.oktoobrini, kusjuures ägedamad neist olid Käina aleviku juures. Emmastest Kärdla suunas liikuvad osad jõudsid 13.oktoobril kõigepealt Orjakusse. Vallutanud sadama, vabastasid selle järel kogu Kassaare. Sellega olid vallutatud mõlemad tammid, mis ühendasid Kassaart Hiiumaaga, ja oli mindud ühtlasi mööda Käina alevikust. Käina langes pärast lühikest võitlust 14.oktoobril. Käinast tungisid Saksa jõud edasi otse Kärdla linna suunas.

Linn vallutati 16.oktoobri pealelõunal linna ümbruses lühikest aega kestnud võitluse järele. Seejärele arenesid võitlused läänes ja idas. Läänes, Kõrgesaare vallas, kestsid võitlused 17. kuni 19.oktoobrini. Ägedamaid võitlusi oli Puski küla ümbruses. Kõpu poolsaarele taandunud Punavägi tahtis sulgeda juurdepääsu, pidades poolsaare kaela 38 tundi ägeda suurtükitule all. Kahe päevaga aga purustati Punaväe jõud ja sunniti alistuma. Saare idaserval kestsid võitlused kõige kauem. Pühalepa valla vabastamine kestis 14.oktoobrist kuni 21.oktoobrini. Ägedamaid võitlusi toimus siin enne Kärdla vallutamist Nõmbu külas. Pühalepa kiriku ümbruses ja Heltermaal vaenlane vastupanu ei avaldanud. Punaväel oli koondatud Hiiumaale suurel arvul igasugu sõjamaterjale ja ka toiduaineid. Enamuses jäid need kõik maha. Metsavendlust Hiiumaal laiemas ulatuses ei esinenud. Tuntumad metsavendade peidukohad olid Emmastes Õngu küla juures metsas, Käinas Kaigutsi küla heinamaal ja Pühalepa valla piirides olevail saarekestel: Saarnaki laiul, Heinlaiul ja Kõverlaiul. Võitlusi oli metsavendadel Leisu küla juures Emmaste vallas 12.juulil, kus kaotati 2 meest langenutena. Ülekaaluka vastase ees olid metsavennad-omakaitselased sunnitud tagasi tõmbuma. Samal ajal oli kokkupõrge ka Nurste metsavendadel, kes, kaotanud 1 mehe langenuna, olid sunnitud samuti taanduma.

Sõjamöllus andis kõige raskema hoobi Hiiumaale Kärdla kalevivabriku hävitamine. Stalini käsul lakkas töötamast saare majanduselu tuiksoon. Mitu päeva tõusid leegid veel tagantjärele kord siin, kord seal suure käitise hoone rusude vahelt. Käinas levitati tulekahju ka bolševistliku kurja käe läbi. Siin hävisid tules Käina mootorveski, Putkaste seemnekasvanduse rehi ühes viljaga ja kirikla rehi. Hooneid hävis ka teistes valdades, kus tuli tekkis peaasjalikult lahingutegevusest.

Võitlused Hiiumaa vallutamisel olid viimased Eesti vabastamisel 1941.aastal. Võitluste lõppemisel 21.oktoobril jäi bolševike valdusse kuni 6.detsembrini veel Osmussaar, kuid sealt lahkus Punavägi võitlusteta. Igasuguseks vastuvõtuks valmis Saksa sõdurid ja omakaitselased randusid saarele püssipauguta. Nad leidsid eest vaid tühjade punkrite labürindi. Hangö vastas oleva Soome lahe sulgemise värava lõunapoolsel poolel ei üritatudki vastupanu.

Võitlustes Saaremaa ja Hiiumaa juures ja enne seda Tallinna ja Paldiski vallutamise ajal ning veelgi varem aitasid maavägede tegevusele tõhusalt kaasa merejõud kindraladmiral C a r l s i juhatusel, tegutsedes tihedas koostöös Soome merejõududega. Iseseisvate mereoperatsioonide peatähtsus seisis N.Vene sõjalaevastiku hoopide hädaohu kõrvaldamises Soome lahel ja Balti merel. Eriti märkimisväärne oli seejuures miinisõda. Soome lahe lääneossa paigutati kolm suurt miinivälja: esimene ja kõige pikem lääne poole Osmussaare – Hangö joont, Hiiumaa lääneserva ja Turu-eelse saarestiku vahele, teine eelmainitud joone ja Tallinna – Helsingi joone vahele, Pakri saarte ja otse põhjas asuva Soome ranna vahele ning kolmas kõige ulatuslikum miiniväli idapoole Tallinna – Helsingi joont. Viimase miinivälja lõunapiiriks oli Kolga – Käsmu lahe joon ja põhjapiiriks niisama pikk joon ida poole Helsingit. Ainult Tallinnast põgenemisel 27. ja 28.augustil sattusid ida pool Tallinna – Helsingi joont miinidele ja uppusid 21 N.Vene transportlaeva, kogumahuga enam kui 50 000 brt.-reg. tonni, peale selle mitu hävitajat, eelpostilaeva ja miiniristlejat. Miiniväljadel sai peale selle laevu vigastada ümmarguselt 70 000 brt.-reg. tonni suuruses, mis seejärel uputati lennukite poolt. Vigastada sai ka ristleja „Kirov”, mis vaevalt pääses Kroonlinna. 130 000 brt.-reg. tonni laevaruumi hävinemine tähendas N.Venele üldiselt poole kauba- ja sõjalaevastiku ruumi kaotsiminekut Balti merel.

Meie maa vabanes bolševike võimust 3,5 kuud kestnud visa võitluse järel. Saksa sõjaväe kaotuste kõrval on ka metsavendade-omakaitselaste kaotused tähelepanuväärt suured, ligi 560 meest langenuid ning teadmata kadunuid ja üle 300 mehe haavatuid. Suuremad on omakaitselaste kaotused seal, kus oli rohkearvulisem metsavendade-omakaitselaste pere ja kus oli intensiivsem tegevus. Maakondade järel oli metsavendadel-omakaitselastel senini kogunenud andmetel eelvõitlustel ja vabastamisvõitlustel ning maa puhastamisel kaotusi langenute ning teadmata kadunutena ja haavatutena järgmiselt: Tartumaal 155 ja 79, Virumaal 152 ja 88, Viljandimaal 68 ja 13, Pärnumaal 40 ja 31, Läänemaal 35 ja 14, Järvamaal 29 ja 15, Harjumaal 16 ja 24, Võrumaal 10 ja 11, Tallinnas 9 ja 8, Petserimaal 9 ja 1, Saaremaal 7 ja 0, Narva linnas 5 ja 9, Valgamaal 2 ja 6. Palju suuremad olid aga meie kaotused relvadeta võitluse kestel selle ühe aasta jooksul, mil bolševistlik võim meil valitses. Rahvaloenduste andmeil 1934. ja 1941.a. on Eesti elanike arvude vahe: 1 126 413 – 1 017 811 = 108 602 inimest. Seega on ligi 110 000 inimest kadunud, kellest suure osa kohta puuduvad vähemadki andmed. See arv peaks olema aga veel suurem, sest rahvaloenduste vahel 7 aasta jooksul oli ka teatud juurdekasv. Nimeliselt on senini omaste ja kaaskodanike avaldiste põhjal ZEV-i (Zentralstelle zur Erfassung der verschleppten und mobilisierten Esten) poolt kindlaks tehtud ligi 61 000 (täpselt 60 973) inimese kaotsiminek, kellest on 35 580 inimest mobilisatsioonikohustuslikena Venemaale viidud, 5500 inimest Venemaale jäänud tegevteenistuslastest, 1569 (täpselt) inimest käsutatud Venemaale tsiviilametnikena, 9730 inimest viidud küüditatuna Venemaale orjusse, 7200 arreteeritud ja 1390 teadmata kadunud. Peale selle on kogutud andmed üle 1800 mõrvatud inimese kohta. Need on meie rahva üldarvu juures kohutavad arvud. Tekib küsimus: üle 1800 inimese on küll juba kindlate andmete põhjal mõrvatud, kuid kui palju on mõrvatud inimesi teistest kadunute liikidest, kui palju on surnud nälja, külma ja taudide kätte? Seda valusamalt kõnelevad meile aga need arvud, et need olid kõik meie paremad inimesed. Suured on ka meie materiaalsed kaotused. Tulest on kannatada saanud esialgseil andmetel 13 000 hoonet, neist 7500 hävinenud; 2200 talundi hooned on hävinud täielikult. Rängalt on vähenenud meie loomade arv. Loomade loendustel 1939.a. suvel ja 1942.a. algul saadud koduloomade ja kodulindude vahe näitab suurt vähenemist (arvud ümardatult): hobuseid 30 600 ehk 14%, veiseid 239 800 ehk 34%, sigu 223 600 ehk 50,1%, lambaid 320 000 ehk 46%, kodulinde 470 500 ehk 27,5% ning mesiperesid 52 560 ehk 49,6%. Hävinenud on rõhuv osa meie tööstustest. Nende arvude kõrval kahvatavad meie Vabadussõja kaotuste arvud, kus loendati ümmarguselt 5000 surnut ja 1000 invaliidi, kus tule hävitustöö tagajärjed olid võrdlemisi väiksed (hävis osa Narva linna ja mõned piiriäärsed külad ning talud), kus tööstuse ja kaubanduse olukord, mis enne sõda oli juba langenud, ei läinud sõja ajal palju halvemaks.

Kaotuste kõrval oleme aga ka nii mõndagi võitnud selle bolševistliku aasta ja samuti viimaste võitluste kestel. See, mis oleme võitnud, on hävinenud materiaalseist varadest võib-olla isegi väärtuslikum. Meie soovime aga veel – kuigi meie inimkaotused on suured, et need valud ja pisarad, mis kallite inimelude purunemine on toonud üksikisikutele, suudaks end mõnegi võrra tasuda vaimsete aarete kogunemisega meie rahva kui ühise pere vaimsete väärtuste puutumata tagavarra. Oleme saavutanud kindlama üksmeele oma vaadetes kui kunagi varem – oleme leidnud uuesti iseennast oma rahvuslikus tervikus, oma väärtustes. Soovime, et lühikese aja jooksul saadud raske õppetund oleks küllaldane, et meie rahva üksmeeles ei tekiks mõrasid mõne mööduva meeleolu mõjul. Bolševistliku punaarmeelase, politruki ja komissari olemasolu tõestas meile, et selle maailmaga pole meil midagi ühist. Ühised võitlused õlg-õla kõrval Saksa sõjaväega on loonud väärtusi, mille tulemused selguvad alles tulevikus. Saksa sõdurite ja metsavendade ning omakaitselaste hauad kõrvuti üle meie maa kinnitavad, et on tekkinud teineteist tunnustav ühine arusaamine, et on olemas sõprus, mis on kinnitatud veristes võitlustes, et see on praegu õige tee, mille oleme valinud.