Selgus, et Nõukogude Liit on 16.juuni lõunaajal esitanud Leedule ultimaatumi, milles nõutakse kogu maa okupeerimist. Sama päeva õhtupoolikul saabus samasugune ultimaatum Eestile.

16.juuniks selgusid Sõjavägede staabile ka Vene vägede tegevuse sihid. Palivere ja Klooga läheduses koondunud Vene väed pidid okupeerima Tallinna ja ümbruskonna, kuna üle idapiiri saabuvad uued Punaväe osad pidid üle ujutama kogu Eesti. Nõukogude vägede liikumine pidi algama 16.juuni ööl vastu 17.juunit. Nõukogude sõjaväe kohalikud juhid põiklesid just neil päevadel kõrvale igasugustest kokkupuudetest Eesti sõjaväe juhtidega.

16.juuni keskööl saabusid Sõjavägede staapi teated, et Nõukogude Liidu väed on alanud liikumist Palivere rajoonis. Kell 2 öösi teatati Keilast, et Punaarmee osad on jõudnud juba sinna ja liiguvad edasi Nõmme ja Tallinna suunas. Et hoiduda võimalikest vahejuhtumitest, saadeti niihästi Paldiski kui ka Pärnu maanteedele ohvitsere, kes pidid looma kontakti saabuvate Punaväe juhtidega ja selgitama ka paigutamise võimalusi. Kell 4 hommikul olid venelased juba Tallinna ja Nõmme serval.

Kuna Tallinna saabusid N.Vene suured väeosad, kerkis päevakorrale eriti teravalt küsimus, kuhu neid paigutada. Et hoiduda N.Vene vägede poolt korterite omavolilisest võtmisest, otsustati neile anda esijoones Eesti sõjaväe kasarmud ja mõningad tühjad ruumid. Eesti väeosi tuli kohe paigutada koolimajadesse ja mõningaisse eramajadesse. Läbirääkimistel õnnestus Vene vägesid viimasel hetkel peatada Tallinna läheduses, et anda Eesti vägedele aega ümberkolimiseks. Antud ajad olid väga lühikesed.

Nii said sõjaväe ühendatud õppeasutised Tondi rajoonist väljakolimiseks 6 tundi. Võib ette kujutada, milline see kolimine oli, kui võtta arvesse, et sõjaväe õppeasutusi sisustati pikki aastaid – nüüd aga tuli ilma eeltöödeta järsku sealt lahkuda. Samuti ka teised väeosad. Kopli tänaval võtsid venelased oma alla peale Mereväe ekipaaži veel kolm elumaja, nn. „Punased kasarmud”, kus paiknes umbes 100 sõjaväelaste perekonda.

Sõjavägede ülemjuhataja sõitis 17.juuni hommikuks Narva, kus tal oli kohtamine Leningradi sõjaväeringkonna ülema kindral M e r e t s ko v i g a . Ülemjuhatajat lasti oodata umbes 1/4 tundi, enne kui ta kutsuti Meretskovi salongvagunisse. Venelastel oli „kokkuleppe” kava valmis, väga ebamäärane tekst, milles nad ei muutnud ühtki koma, hoolimata Eesti esindajate vastuväidetest. Üheks nõudeks selles tekstis oli kaitseliidu likvideerimine ja relvade kokkukorjamine eraisikutelt. Muidugi oli peanõudeks, et kogu Eesti okupeeritakse Punaarmee poolt. Olgu illustratsiooniks märgitud, et valmiskirjutatud tekstis oli Eestipoolset allakirjutajat nimetatud ainult „diviisi kindraliks”, mitte aga sõjavägede ülemjuhatajaks.

17.juunil läbisid Tallinna linna Nõukogude Vene autode ja tankide kolonnid. Kuigi suuremat osa Punavägedest õnnestus suunata Järve-Ülemiste ringteed kaudu Lasnamäe-Juhkentali rajooni, läbis teatav arv vägesid ka kesklinna. Üksikud Vene autod ja tankid ekslesid tihti tänavatel, autojuhid küsisid vastutulijatelt teed, mõned tegid oma eksirännakuid isegi Toompeal, enne kui nad leidsid õige tee Tartu maanteele. Et ristteedele suunajaid-teenäitajaid välja panna, sellele venelased muidugi ei tulnud.

Eesti okupatsioonist osa võtnud Punaväe üksusi on püütud mitmeti hinnata. Mitmete asjatundjate tähelepanekute järgi aga võib ütelda, et üle piiri saabunud uute vägede arv kõikus 50 000 mehe ümber, kusjuures olid esindatud kõik moto-mehhaniseeritud väeliigid. Nende punaväelaste arv, kes marssisid baasidest Tallinna, võis kõikuda 15 000 kuni 20 000 ümber.

Okupatsiooniväed olid ruumide suhtes palju nõudlikumad kui baasiväed. Et sellist suurt arvu sõjaväge üleöö ära paigutada, selleks anti nende käsutusse kõik vabad hooned, koolimajad ja Eesti sõjaväe kasarmud. Eesti sõjavägi kolis mõne tunni jooksul oma alatistest asukohtadest välja kuhu juhtus. Seega oli antud Eesti sõjaväele ränk hoop. Eesti sõjavägi ei kujutanud endast sel hetkel enam mingit lööküksust. Eesti armee oli tegelikult lakanud olemast.

Nõukogude telegraafiagentuuri Tass’i Tallinna esindaja teatas 17.juuni õhtupoolikul Moskvasse, et „Eesti töötav rahvas võttis võidurikast Punaarmeed kõikjal vastu rõõmuhõisete ja lilledega”. Selle sõnumi olid ka Eesti ajalehed sunnitud oma järgmises numbris ära trükkima. Tegelikult on teateid, et ainuke koht Eesti territooriumil, kus Punaväge tõesti vastu võeti mõningate sümpaatiatega, oli Petserimaa. Ja neidki rõõmuhõikeid tegid üksikud kirjaoskamatud kohalikud venelased.

Tallinna tänavail võis näha inimesi, kes nutsid, nähes pikksärklaste sissesõitu. Punaarmee sissemarss mõjus rahvale nii masendavalt, et vaevalt leidub sõnu, kuidas neid matusemeeleolusid kirjeldada. Need, kes tõstsid sel päeval oma nina kõrgemale, olid esmajoones juudid ja allkiht, kelle arv Eestis aga oli minimaalne.

Eestlane pole kunagi omanud lõhkumise ja hävitamise kalduvusi. Eesti sõjaväelane on olnud alati distsiplineeritud ja on käitunud riigi varandusega heaperemehelikult. 17.ja 18.juunil aga olid eesti sõdurid otse märatsemise hoos. Väljakolimisel oma armsakssaanud elukohtadest viidi kaasa kõik, mis vähegi andis viia. Ja mis kaasa viia ei andnud, see lõhuti ära hüüdlausega: „Tibladele mitte midagi!”

Nii kisti sõdurite poolt ja nende eneste algatusel seinte küljest lahti kõik elektrijuhtmed (kontaktid). Need pisiasjad peaksid kõige paremini iseloomustama eesti sõjaväelaste meeleolusid.

Tekib küsimus: Kas baaside ajal nakatas eesti sõjaväelast kommunistlik batsill? Sellele on kindel vastus – ei. Sõjavägede staabi vastaval osakonnal, kes sellal eriti teravalt jälgis sõjaväe sisemisi meeleolusid, oli kindlaid andmeid, et baaside ajal tõekspidamised kristalliseerusid.

Üldine rahvustunne ajateenijaskonnas, nagu juba märgitud, tõusis tublisti.

Kui noorem juhtkond ja ajateenijad oma enamikus õieti veel ei suutnud taibata, missugune kohutav murrang oli tekkinud, siis vanem juhtkond, kes oli teadlikum kommunismi tõelisest palgest, viibis otse lootusetus olukorras. Kõikidele oli nende saatus juba ette teada.